وظایف رئیس پژوهشکده مطالعات اسلامی در علوم اسلامی مطابق حکم دکتر مسعود میرزائی شهرابی، رئیس دانشگاه فردوسی مشهد عبارتند از:
- برقراری ارتباط وثیق و مؤثر با رئیس محترم شورای راهبردی پژوهشکده در راستای تحقق وحدت حوزه و دانشگاه
- به‌کارگیری فناوری‌های هوش مصنوعی و نوآوری‌های پیشرفته در تبیین علوم اسلامی
- توسعه و ترویج مطالعات بین‌رشته‌ای با رویکرد اسلامی و تحولی
- گفتمان‌سازی مطالعات علوم انسانی با رویکرد اسلامی و تحولی
- بسترسازی برای ارائه کرسی‌های نظریه‌پردازی و ترویجی با تأکید بر مطالعات اسلامی
- ایجاد ارتباط با جامعه درخصوص انجام پروژه‌های پژوهشی و افزایش روحیه خلاقیت و نوآوری
- توسعه ارتباط با حوزه‌های علمیه و مراکز علمی ملی و بین‌المللی با تأکید بر شهر مشهدالرضا
- انجام پژوهش‌های بنیادی و کاربردی در زمینه‌های مرتبط
- حمایت از پایان نامه‌ها / رساله‌ها و پژوهش‌ها در راستای محورهای پژوهشی پژوهشکده
- توانمندسازی اعضای هیئت علمی پژوهشکده در بهره‌گیری از منابع اسلامی معتبر
- جذب منابع مالی متنوع و پایدار در تحقق دانشگاه نسل ۴